EFSAk INNUENDO proiektuaren azken txostena argitaratu du ”Arrisku mikrobiologikoak eta kimikoak identifikatzeko eta ezaugarritzeko ikuspegi berriak” deialdiaren harira. Eusko Jaurlaritzak deialdiaren zati bat finantzatu du, eta Euskal Herriko Unibertsitatearen (UPV/EHU) parte-hartzea izan du, erreferentziako beste ikerketa-zentro eta laborategi batzuekin eta Elikagaien Segurtasunaren arloko Europako Agentziekin batera.
Helburua
Analisi-plataforma bat eta prozedura estandarrak diseinatzea elikagai bidez transmititzen diren patogenoen agerraldiak zaindu eta ikertzeko genomaren sekuentziazio osoa (WGS) erabiltzeko.
Faseak
Lehenik eta behin, parte-hartzaileek egungo gabeziak eta beharrizanak identifikatu zituzten, hainbat sektoretan aplika daitezkeen konponbideak aurkitzeko. Informazio hori abiapuntutzat hartuta, baliabide ekonomiko eta giza baliabide mugatuak zituzten herrialde txikiei zuzenduriko plataforma bat garatu zuten. Hori lortzeko, prozesuaren fase bakoitzean (diseinua, garapena eta ezarpena) zentratutako estrategia bat aplikatu zen azken erabiltzaileetan, hala nola osasun publikoaren eta animalien osasunaren ardura duten laborategietan eta mikrobiologoetan.
Emaitzak
Azken emaitza INNUENDO V1.0 Plataforma izan zen: sistema independente era eramangarria, kode irekikoa, bakterio patogenoen datu genomikoak kudeatu, aztertu eta trukatzeko.
Hainbat modulu garatu dira (https://github.com/TheInnuendoProject helbidean daude eskuragarri). Besteak beste hauek hartzen dituzte barne:
- Genoma elkarretaratzea eta espeziea berrestea.
- Genoma azkar multzokatzea.
- In silico
- Campylobacter jejuni, Yersinia enterocolitica, Salmonella enterica eta Escherichia coli bakterioen espezie estandarizatuen egitura filogenetiko espezifikoak, genez geneko metodologia berritzaile batean oinarritua.
- Kalitate-kontrolerako neurriak, irakurketa gordinetik abiatuta.
- Jakinarazpenak egiteko sistema.
- Komunikazio-protokoloa.
- Andui patogenoak sailkatzeko sistema, agerraldiak ikertu bitartean komunikazioa hobea izan dadin.
Diseinatutako tresna xehetasun handiz erabili da Europako osasun publikoko eta animalien osasuneko hainbat agentziak simulatutako agerraldietan.
Ondorioak
INNUENDO V1.0 plataforma modelo benetan eraginkorra da epidemiologia genomikoaren arloan kode irekiko softwarea erabiltzeko.